📋 实验流程
全流程一览,产品可直接加购1
RNA提取与质检
2 h提取高质量总RNA并检测浓度、纯度和完整性(RIN)
💡 技巧 RIN≥7通常可测序
⚠️ 注意 RNase污染致降解影响结果
🧪 这一步需要的耗材(点「去选购」到产品页选规格/品牌)
2
文库构建
1 天去除rRNA或富集mRNA,反转录成cDNA并加接头扩增
💡 技巧 物种选择去核糖体策略
⚠️ 注意 循环数控制防PCR偏差
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3
上机测序
1–3 天将文库定量混合后在高通量测序仪上测序
💡 技巧 测序深度按样本量设定
⚠️ 注意 文库混合均匀保均一性
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4
数据分析
2 天质控、比对、定量并做差异表达与富集分析
💡 技巧 多重比较校正防假阳性
⚠️ 注意 批次效应需校正
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⚠️ 新手常犯的 5 个错误(避坑指南)
- ① RNA降解致RIN低影响质量
- ② 残留rRNA占比高致浪费测序
- ③ PCR循环过多引入表达偏差
- ④ 批次效应掩盖真实差异
- ⑤ 测序深度不足检测不到低表达基因
❓ 常见问题(做坏了怎么办)
+RNA-seq的测序深度怎么定?
依目的,如检测低表达基因或新型转录本需更深(20-50M/样本)。
+如何选去核糖体还是polyA富集?
poly-A偏mRNA标准;去核糖体保留非编码RNA更全。
+如何校正批次效应?
用批次平衡实验设计并用ComBat等算法校正。