📋 实验流程
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交联
30 min甲醛交联细胞固定染色质邻近关系，淬灭后收集
💡 技巧 交联时间依细胞类型优化
⚠️ 注意 充分淬灭停止反应
🧪 这一步需要的耗材（点「去选购」到产品页选规格/品牌）
2
限制酶切割与末端标记
过夜选低频限制酶切割DNA，用生物素标记末端
💡 技巧 标记末端便于回收接触片段
⚠️ 注意 切割需彻底
🧪 这一步需要的耗材（点「去选购」到产品页选规格/品牌）
3
平端连接与纯化
4 h在近邻条件下平端连接片段，去除交联并纯化DNA
💡 技巧 近邻连接是关键原理
⚠️ 注意 避免随机连接产生假接触
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4
文库构建测序与分析
2–3 天构建文库富集生物素片段，测序后分析接触矩阵与结构域
💡 技巧 用专用分析软件生成交互图
⚠️ 注意 测序深度足够支撑分辨率
🧪 这一步需要的耗材（点「去选购」到产品页选规格/品牌）
⚠️ 新手常犯的 5 个错误（避坑指南）
- ① 交联不足或过度致结构信息丢失
- ② 随机连接诱发假接触信号
- ③ 测序深度不足分辨率低
- ④ 生物素标记缺失致片段丢失
- ⑤ 分析参数不合理致结构误判
❓ 常见问题（做坏了怎么办）
+Hi-C能看什么结构？
TAD、环状结构、A/B区室和增强子-启动子长程交互。
+测序深度要多高？
依分辨目标而定，TAD级别需数百M读长，增强子定位更深。
+Hi-C与其他C方法区别？
Hi-C全基因组无偏，4C/3C/ChIA-PET等聚焦特定区域或蛋白介导交互。